继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：巴勃罗·施瑞博尔 娜塔莎·麦克艾霍恩 叶林·韩 博基姆·伍德拜因 简·泰勒 莎巴娜·阿兹米 奥利维亚·格兰特 夏莉·墨菲 凯特·肯尼迪 宾利·卡鲁 娜塔莎·卡尔扎克 丹尼·萨帕尼 瑞安·麦克法兰 Casper Knopf 朱利安·布里奇 莎拉·里奇韦 卡尔·约翰逊 希尔顿·麦克雷 菲奥娜·奥肖内西 加博尔·纳吉帕尔 米兰达·威尔逊 杰米·比米什 约翰尼·帕尔默 伊恩·皮里 约翰·迈尔斯 安吉·塞佩达 伊万·芬勇 妮拉·阿利亚 卡罗琳·博尔顿 米里亚姆·诺瓦克 孔政焕
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演员：杰克·巴农 本·奥德里基 艾玛·帕茨 海恩斯利·劳埃德·班纳特 瑞恩·弗莱彻 多萝西·阿特金森 伊恩·普莱斯顿-戴维斯 波利·沃克 帕洛玛·费丝 杰森·弗莱明 安娜·钱斯勒 丹尼·韦伯 西蒙·戴 莎拉·亚历山大 理查德·克洛西尔 拉蒙·蒂卡拉姆 杰西卡·埃勒比 哈里特·斯莱特 彼得·吉尼斯 尼古拉斯·琼斯 鲁弗斯·赖特 梅丽莎·纳奇布尔 理查德·帕蒂弗 马汀·麦格
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