在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
演员：前野智昭 柿原彻也 森久保祥太郎 梶裕贵 绿川光 江口拓也 村濑步 桥本晃太朗 梅原裕一郎 神尾晋一郎 神永圭佑 增田俊树 细贝圭 小野贤章 羽多野涉 浅沼晋太郎 伊藤真 山下大辉 北村谅 土田玲央 帆世雄一 西山宏太朗 中岛良树 渡边拓海 新田杏树 米内佑希 池田纯矢 比留间俊哉 高坂知也 齐藤壮马 高桥广树 大须贺纯 野岛健儿 石川界人 山本和臣 鸟海浩辅 诹访部顺一 花江夏树 内田雄马 樋柴智康 驹田航
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演员：中村悠一 江口拓也 三木真一郎 松冈祯丞 染谷俊之 佐藤拓也 代永翼 多田启太 铃木达央 八代拓 武内骏辅 中岛良树 真堂圭 山下七海 木下浩之 大浦冬华 羽多野涉
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